MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile 630 plasmid pCD630

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008226	TAA	2	6	102	107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008226	TCCTTT	2	12	109	120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008226	C	7	7	148	154	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
4	NC_008226	T	6	6	165	170	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008226	GGA	2	6	176	181	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008226	G	6	6	235	240	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008226	T	8	8	249	256	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008226	ATT	2	6	791	796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008226	TTC	2	6	823	828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008226	TAC	2	6	916	921	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008226	AAAT	3	12	941	952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008226	A	8	8	953	960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008226	TAC	2	6	961	966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008226	TATT	2	8	969	976	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008226	CTAA	2	8	991	998	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008226	T	6	6	1009	1014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008226	TCC	2	6	2356	2361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_008226	T	6	6	2394	2399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008226	ATT	2	6	2400	2405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008226	AAAT	2	8	2422	2429	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008226	TTC	2	6	2443	2448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008226	T	6	6	2461	2466	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008226	A	7	7	2509	2515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008226	TAAA	2	8	2522	2529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008226	TA	3	6	2565	2570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008226	TTAT	2	8	2571	2578	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008226	ATA	2	6	2626	2631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008226	CTTT	2	8	2741	2748	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008226	T	6	6	2772	2777	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008226	AAT	2	6	2785	2790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008226	TCA	2	6	2806	2811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008226	AT	3	6	2814	2819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008226	AAT	2	6	2826	2831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008226	T	6	6	2861	2866	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008226	AT	3	6	2888	2893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008226	T	7	7	2893	2899	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008226	T	6	6	3368	3373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008226	T	8	8	6120	6127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008226	ATTTT	2	10	6218	6227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008226	CAAA	2	8	6272	6279	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008226	T	7	7	6296	6302	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008226	TTA	2	6	6304	6309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008226	TAT	2	6	6311	6316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008226	TAA	2	6	6322	6327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008226	T	6	6	6353	6358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008226	T	6	6	6699	6704	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008226	AT	3	6	6800	6805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008226	AGG	2	6	6819	6824	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008226	TTAT	2	8	6995	7002	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008226	ACT	2	6	7004	7009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008226	TAG	2	6	7022	7027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008226	TTATT	2	10	7028	7037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008226	ACT	2	6	7605	7610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008226	T	6	6	7709	7714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008226	TTA	2	6	7718	7723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008226	ATT	2	6	7757	7762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008226	TAT	2	6	7772	7777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.